UEFA Kupası ve UEFA Avrupa Ligi adı altında gerçekleştirilen organizasyonda daha önce 3 kez gruplarda mücadele eden sarı-lacivertli takım, başarılı sonuçlar alarak bir üst tura çıkmayı başardı.
Fenerbahçe, 2006-2007 sezonunda UEFA Kupası'nda tek maç üzerinden oynanan karşılaşmalar sonunda, 5 takımın yer aldığı grubunu 3. sırada tamamlayarak tur atladı. Newcastle United, Celta Vigo, Palermo ve Eintracht Frankfurt ile aynı grupta yer alan "Sarı-kanaryalar", rakipleriyle yaptığı 4 maçta birer galibiyet ve beraberlikle 4 puan topladı. 2 karşılaşmayı yitiren Fenerbahçe, H Grubu'nu 3. sırada bitirerek bir üst turda mücadele etme hakkı kazandı. Sarı-lacivertli ekip, 2. turda AZ Alkmaar ile sahasında 3-3 berabere kalıp, deplasmanda aldığı 2-2 eşitlikle elendi.
2009-2010'da lider oldu
Fenerbahçe, 2009-2010'da UEFA Avrupa Ligi adı altında oynanan organizasyonda grup maçlarında daha başarılı performansa imza attı.
Bir kez daha H Grubu'nda yer alan sarı-lacivertli takım; Twente, Sherrif ve Steaua Bükreş ekiplerine karşı çift devreli lig sistemine göre olan mücadelede üstünlük sağladı. Rakiplerini 6 maçta 5 kez mağlup eden Fenerbahçe, sadece bir kez yenildiği grubu 15 puanla lider olarak tamamladı. Sarı-lacivertli ekip, grup maçlarındaki başarıyı 2. turda tekrarlayamadı ve Lille ekibine elendi. İlk maçta rakibiyle 1-1 berabere kalan Fenerbahçe, rövanş mücadelesinden 2-1 mağlup ayrıldı.
2012-2013'te gruptaki başarısını ileriye taşıdı
Sarı-lacivertli ekip, 2012-2013'te ise gruptaki başarısını ileriye taşımayı bildi.
C Grubu'nda Avrupa Ligi mücadelesi veren Fenerbahçe; Borussia Mönchengladbach, Olympique Marsilya ve AEL Limassol takımları karşısında 4 galibiyet, birer beraberlik ve yenilgi sonunda 13 puanla zirvede yer aldı. Lider olarak 2. tura yükselen Fenerbahçe, bu turda BATE Borisov'u 1-0 ve 0-0'lık skorlarla eledikten sonra 3. turda Viktoria Plzen'e 1-1 ve 1-0'lık galibiyetle üstünlük kurarak adını çeyrek finale yazdırdı. Çeyrek finalde Lazio'yu ilk maçta 2-0 mağlup eden sarı-lacivertli ekip, rövanş maçından 1-1 berabere ayrılarak yarı finale yükseldi. Fenerbahçe'nin bu başarılı yolculuğu yarı finalde son buldu. Benfica ile eşleşen sarı-lacivertli ekip, rakibini ilk maçta 1-0 yenmesine rağmen ikinci maçı 3-1 yitirerek finale yükselmeyi başaramadı.
Gruplarda toplam 10 galibiyet aldı
Fenerbahçe, 3 defa yer aldığı grup maçlarında 10 galibiyet, 2 beraberlik ve 4 yenilgi aldı.